背景
1963年12月30日，教宗保禄六世任命他为克拉科夫的大主教。他作为主教和大主教，参加了第二次梵蒂冈大公会议。会议最具历史性影响力的结果是公布了信仰自由法令（Dignitatis Humanae）和现代世界教会的牧职宪章（Gaudium et Spes），他为文件的草议作出了贡献。
当选教宗
1967年教宗保禄六世提升他为枢机。1978年8月，保禄六世逝世后，他参与了教宗选举，在其中选举了威尼斯枢机宗主教艾尔比诺·卢西亚尼(Albino Luciani)为教宗若望·保禄一世。以教宗的年龄标准来说，65岁的卢西亚尼是年轻的。虽然58岁的沃伊蒂瓦可望在80岁的年龄限制前，再参加另一次教宗选举会议，但他没料到会来得这样快。1978年9月28日，接任教宗仅33日的若望·保禄一世逝世。1978年10月沃伊蒂瓦在两个月内，又回到梵蒂冈城参加第二次教宗选举会议。
第一位波兰教宗
1978年10月16日，沃伊蒂瓦继任天主教第264任教宗，时年58岁。他的年龄、国籍、他之前运动员和剧作家的身份，无一不打破天主教二千年来的传统。
暗杀未遂
1981年5月13日，若望·保禄二世在进入圣伯多禄广场准备演讲时，被一名土耳其狂热穆斯林枪手莫梅特·阿里·阿加（Mehmet Ali Ağca）枪击。若望·保禄中了两枪，但子弹差了分毫，并未击中要害。经六小时手术后脱离危险。1983年圣诞前两天，若望·保禄痊愈后，到监狱探望行弑他的刺客。二人私下谈话片刻，但对话内容至今没有公开。不过，有人在阿加的住处找到一张“我要杀死十字军首领”的字条。
谋杀的动机仍然众说纷纭。有人认为是苏联派人来谋杀他，目的是为了保持华约国家（特别是波兰）的稳定。其他人则认为，可能是梵蒂冈内部不满若望·保禄二世担任教宗的人士策划。最后，由于没有任何证据，最后唯有以阿加只是想吓吓教宗定案。
2006年3月2日，意大利国会下属负责调查冷战机密的委员会认定，前苏联操纵谋刺了保罗二世，并向媒体公布了其最终调查报告。该委员会指出，前苏联当局之所以要铲除保罗二世，是因为他当时所宣传的思想对苏联集体主义意识形态构成威胁。[1]
游历
在位期间，若望·保禄二世出访过比前任所有教宗加起来还多的地方。他成为第一个访问英国的教宗，在那里他与女王伊丽莎白二世，英国国教的最高管理者会面。
2001年，若望·保禄二世重游圣保禄当年去过的地方，在地中海进行朝圣之旅。他从希腊前往叙利亚，然后再前往马耳他。他是超过一千年来，首名到访希腊的教宗。他在叙利亚大马士革探访相传是洗者若翰埋葬所在的奥美雅清真寺(Umayyad Mosque)；是历年来首位探访清真寺的教宗。 ·
与犹太人民的关系
若望·保禄二世曾经发表过一些有关教会与犹太人关系的演讲，并经常对在犹太人大屠杀牺牲的犹太人人表示敬意。1979年，他成为了第一个访问波兰奥斯威辛集中营的教宗。他是少数在犹太文化下长大的教宗。2000年3月，他访问耶路撒冷，他说：“犹太人是我们的兄长。”一些人认为这是承认天主教由犹太教所分出来，而耶稣最早的跟随者是犹太人。
修补与东正教的关系
1999年5月，若望·保禄二世受罗马尼亚东正教宗主教泰奥克蒂斯（Teoctist）之邀，访问罗马尼亚。5月9日，他与泰奥克蒂斯分别参加对方举行的弥撒。数以十万计的信徒参加了该次崇拜活动。之后泰奥克蒂斯亦应若望·保禄二世之邀，于三年后回访罗马。
2001年，若望·保禄二世成为一千二百九十一年以来，首位到访希腊的教宗。当地人对他的访问并不热情，部分东正教徒更示威抗议他的到访。后来他在雅典与希腊东正教会的赫里斯托祖卢（Christodoulos）宗主教会面。经过30分钟会议后，二人公开讲话。赫里斯托祖卢列举了东西教会分裂后，天主教对东正教所犯的十三项罪行；包括十字军东征时劫掠君士坦丁堡，并从未对此表示忏悔。若望·保禄二世即回应，表示“过去和现在，天主教会的子女在行动和过失上，对东正教弟兄姊妹所犯下的罪行，向天主请求宽恕”，获得赫里斯托祖卢的即时掌声。
社会与政治立场
一般认为若望·保禄二世在教义上比较保守，在女性生育和授圣职等问题上也趋于保守。他有关人类性行为的文章对男性和女性的本质和由此产生的爱与性，进行了范围更广的思考。这些文章对天主教如何看待性问题起到了重要的推动作用。另外他反对女权主义。
教宗反对堕胎，尤其抨击民主国家中允许堕胎的现象。
他也批评解放神学，认为过于强调政治上的自由，牺牲了精神上的解放。1995年生命的福音通谕中，他再次强调教会看重生命的观点，谴责堕胎、安乐死和所有形式的死刑，将这些称为当今世界上盛行的“死亡的文化”。但他在死刑、削减穷国债务和贫困等问题上的立场，从政治上看一般是偏自由主义的；这表示不能单纯以“保守”或“自由”这类政治标签来形容宗教领袖。
2000年，他公开签署了“Jubilee 2000”，支持爱尔兰摇滚明星Bob Geldof与Bono提倡的非洲减债运动。
2003年，若望·保禄二世强烈批评美伊战争。他认为应该由联合国来解决国际事务，单边行动是对和平的犯罪，也违反国际法。
在2003年和2004年欧盟商讨新宪法时，教廷的代表没有成功地将“基督教遗产”提上会议议程，而这是教宗最希望达到的目标之一。
教宗明确反对同性婚姻。他形容同性婚姻为“一种新的邪恶理念”，严重威胁社会。他也批评变性与心理性移位的人群，禁止他们在教会供职，称他们“精神病态”。
批评
尽管广受欢迎，若望保禄二世也遭到了许多批评。其中有一条批评认为教宗对共产主义的反对态度使得他转而支持右翼独裁者。若望保禄二世偶尔会晤－也有人说是支持－诸如智利的皮诺切特这样的独裁者。事实上，教宗曾敦促皮诺切特恢复民主制度，而且他曾被皮诺切特的随从人员设计与皮合影。据称，他曾为Pío Laghi枢机作保，有批评指出后者支持了阿根廷的“污秽战争”。
若望保禄招致批评的举动还包括他对自治社团主业会的支持，以及对该组织创始人Josemaría Escrivá的封圣。有人认为主业会本质上是教会内部的邪教组织；而若望保禄则将它视作在更大范围内对教会立会之本的回归当中的一部分，
除了Escrivá，若望保禄对其他一些人物的封圣或加封的真福品也遭到了批评，因为这些有争议的人物中有一些据称曾经支持法西斯政党。教宗的支持者则回应说，这些指责皆无凭无据，皆为他们的政敌捏造。教宗对一些19世纪在中国的传教士的封圣在2000年也遭到了中国政府的严厉抨击，后者认为这些传教士曾经是殖民者的帮凶，在西方国家对中国的武装掠夺中扮演了极不光彩的角色，“并且严重地损害了中国人民的利益和感情”。（《人民日报》连结）但也有指这是有心者企图捏造历史强加罪名，以宣扬反宗教的思想。
其他的一些批评集中在他的一些观点上。尤其是若望保禄关于性别身份和性的观点屡遭诟病。一些女性主义者批评他关于女性的社会角色的立场，同性恋权益拥护者则对他代表教会宣示同性欲望是“明显的病态”感到不满，对他反对同性婚姻尤其不满。
他关于避孕的态度对于很多人来说尤其保守。若望保禄遵循传统的天主教教导，认为在有生育能力的夫妇之间的性行为的一项必不可缺的目的就是生育。因此，他宣称使用避孕措施是不道德的行为。很多人不同意他的观点，即使那些同意的人也有不少认为在通过性传播的艾滋病在全球肆虐的时候，对避孕套的使用横加指责实在是不实际的。另一个相关的观点是，若望保禄的教廷认为避孕套不能阻止艾滋病毒的传播。由于这两个观点，许多反对者批评他造成了非洲和其他许多地方的艾滋病疫情[2]。而他的支持者则说，若望保禄对禁欲和忠贞的强调在对抗艾滋病的斗争中十分有效，例如在乌干达。
若望保禄二世有时也因为他管理教会的方式遭到批评。尤其是针对他没能对罗马天主教会性侵犯丑闻做出迅速的反应。还有人批评他在若望二十三世分权之后又将权利集中到梵蒂冈。因此，他被视为一位严格的独裁主义者，无法接受教会内部的不同意见。批评者指他对Tissa Balasuriya神父施以开除教籍的惩罚就是最典型的例子。
除了来自信奉现代化的人们的批评，传统天主徒有时候也猛烈抨击他，要求恢复脱利腾弥撒并且废除第二次梵蒂冈会议之后的改革措施。有人的反对意见演变成了宗座缺出论（sede_vacant-ism = vacant_seat-ism），而另外一些则承认若望保禄的教宗地位，但抱怨他的政策不够保守。
健康问题
2001年的一个手术证实若望·保禄二世患有帕金森氏症，梵谛冈方面在2003年证实此事。他有说话的困难，另外听力也有障碍。与他会面的人说，虽然教宗身体不太好，但他在心理上是健康的。
去世
4月1日，病况急剧恶化，心、肾迅速衰竭。为治疗高热，教宗通过鼻孔接上了第二条进食管以帮助增加营养摄入。当日早晨，报道指出教宗出现了心肌梗塞，但仍清醒。（D'Emilio, 2005 link）梵蒂冈发言人若亚敬纳瓦罗-瓦尔斯(Joaquin Navarro-Valls)否认了心肌梗塞的消息，但说教宗出现了“心脏和循环系统崩溃”，并说教宗的情况“很严重”（美国有线新闻网CNN，2005年4月2日link）
数家意大利新闻机构在中欧夏令时20:20（北京时间次日凌晨02:20）报道了教宗逝世的消息，但不久梵蒂冈否认。意大利天空电视台（SKY Italia）报道说教宗的心脏和大脑仍在工作。
4月2日中欧夏令时00:30左右，（北京时间06:30），梵蒂冈一位发言人在简报中进一步透露了教宗的健康状况并证实教宗已经领受了病人敷油圣事/终傅圣事。教宗拒绝上医院，他会见了贴身的随从人员，包括约瑟夫·拉辛尔/拉辛尔（Joseph Ratzinger）枢机。枢机说“他知道自己将要离世，并跟我做了最后的道别”。教宗还要求听别人诵读前几日有关十字架苦路的心祷。
在教宗弥留的最后几小时，大批较年轻的会众在他梵蒂冈的寓所外守夜。在他最后的遗言中，尤其是给全世界青年的遗言中，他说道：
“我曾到你们那里去，现在是你们到我这里来。我谢谢你们。”
傍晚时分，梵蒂冈宣称教宗的情况“仍很严重，上午又发高热。”然而“在应答家人问候的时候，他的回答都很正确。”
大约UTC时间17:00, 意大利新闻机构宣称若望·保禄二世教宗已经失去知觉. 有医院人士宣称教宗几乎不可能再醒来. 梵蒂冈发布了一份公报反驳了这一说法，但承认教宗的肾功能已经失去。ANSA新闻社在半小时后再次报道教宗失去知觉.
据神父Jarek Cieleski说, 教宗死前最后说的一个词是“亚孟”（即新教的“阿门”），随后就在他自己的房间里闭上了眼睛。时间为4月2日21:37CEST (19:37 UTC)，享年84岁。教宗的死亡证明写的主要死因是败血性休克和心脏衰竭。（梵蒂冈网站, 4月4日, 2005年 link; (路透社, 4月3日, 2005年 link)
他死时在场的人有他的两位私人秘书Stanisław Dziwisz大主教和Mieczysław Mokrzycki，Marian Jaworski枢机，Stanisław Ryłko大主教和Tadeusz Styczeń神父。三位作为耶稣圣心侍女的修女在教宗弥留之际在其寓所陪侍左右。教宗的私人医生Renato Buzzonetti大夫以及另外两位医生Alessandro Barelli大夫和Ciro D'Allo大夫带着各自的护士也都一直待命。
在国务卿Angelo Sodano枢机、罗马教廷财务总管Eduardo Martínez Somalo枢机、教廷国务院副院长Leonardo Sandri大主教和罗马教廷财务副总管Paolo Sardi大主教也先后赶到。此后枢机团长约瑟夫·拉辛尔枢机和Józef Tomko枢机也得以进入寓所。
世界各地关于此事的反应
若望·保禄二世去世，超过70000名信徒涌入梵蒂冈城，同时有超过十亿的天主教徒在世界各地表达哀悼,更有许多非天主教徒亦然. 教宗总是表示祂的离去应该被庆祝如祂向祂永恒的生命的下一阶段迈进. 守在梵蒂冈城里的人们当教廷宣布教宗的死讯后齐声鼓掌,并且依照传统的意大利传统表示敬意.
许多各国领袖为表达其哀悼之意，将其全国降半旗:
在波兰，天主教教徒聚集在教宗出生的地方─波兰南方一小镇名瓦多维采( Wadowice)。各电视台自四月一号取消了各安排好的电视节目，并且大规模的报导关于教宗─能深查当地且被推崇为“父亲”─的讯息。当地政府已经声明以六天来哀悼他。
在台湾，总统府下半旗二天致哀。
在阿根廷，所有学校在四月四号上课前皆默哀。阿根廷总统内斯托·基什内尔表示“我们皆为教宗若望．保禄二世而表达哀悼；祂的指导，将永恒带领我们向前。”
澳大利亚总理约翰·霍华德表示应纪念教宗是对抗共产主义自由战士，以及一位伟大基督教领袖。(澳大利亚援引美国广播公司ABC的广播采访，2005年4月3日)
在巴西，世界上最大的天主教国家，总统卢拉·达·席尔瓦，表达了巴西人民的悲痛。 [3] 并且政府表示将以七天的纪念期来纪念若望．保禄二世。[4]
加拿大总理保罗·马丁表示“近四分之一世纪以来，教宗若望．保禄二世就如同爱与和平、信赖与怜悯的象征.... 今日我们的悲痛也是全世界的感伤。”[5] 在四月四号，加拿大下议院经由赞赏教宗后才开始其会议。[6]国会大厦以及全国各地悬挂的国旗都下半旗致哀。
在 智利, 政府决定以三天来纪念若望．保禄二世。总统 里卡多·拉戈斯·埃斯科瓦尔 表示 "...若望．保禄二世并不会因此而离我们遥远。他已经成为了我们历史中的一部份, 祂的思想将会永远带给我们激励我们向前创造一个更公平的国家与和平的世界"。[7] (Spanish)
哥伦比亚总统 阿鲁瓦罗·乌里贝·贝雷斯 决定将在各政府机关及驻外大使馆的国旗降半旗两天以示哀悼。 哥伦比亚总统在发言稿中强调了教宗对世界和平做出的努力. [8] (Spanish)
古巴当局批准Jaime Lucas枢机在国家电视台做了如下讲话：“这是一位保护道德26年的人... 关怀着近几年世界各地的动乱及战争而道德基准都不动摇的人。”
印度总理 曼莫汉·辛格拜访了梵蒂冈在新德里的驻印度大使馆并且献上深挚的哀悼。 [9]
在大不列颠与北爱尔兰联合王国, 伊丽莎白女皇二世 表达她"最深的悲伤" 于若望．保禄二世，并且将记得祂在推动世界和平的努力。 英国首相 布莱尔 表示世界失去了一位"备受尊敬与信赖的"宗教领袖。 [10]
白宫的国旗及美国各地悬挂的国旗都被要求降半旗直至若望．保禄二世下葬那天晚上。 [11] 总统 布什表达他对此事的遗憾并且表示失去了一位“人类自由的领导”，“数百万美国人的鼓励者” 和 “世代英雄”。 [12] 许多非天主教国家的元首也对此表达哀悼.
大若望·保禄
自若望·保禄二世逝世之时起，梵蒂冈地一部分神职人员就将他称作大若望·保禄（John Paul the Great，根据大利奥，Leo the Great－即圣良一世，St. Leo I－暂译）。Angelo Sodano枢机在为其安魂弥撒写的布道词中也如此称呼教宗。这是历史上第四位获此称号的教宗，也是第一个千年以来的第一次。意大利报纸《晚邮报》甚至称他为“最伟大者”。天主教法典学者宣称，将以为教宗冠以“大”的名号并无官方程序，只要该称号有一定的知名度，且被持续使用，就会得到承认。
至今为止，被冠以“大”的三位教宗分别是教宗良一世，在位时间：440年﹣461年，他说服了匈奴王阿蒂拉从罗马撤军；格列高利一世，590年﹣604年，人们熟知以他命名的格列高利圣咏；以及尼各老一世, 858年﹣867年，他也化解了一场对罗马的围攻(这次是卡洛林王朝由于在解除婚姻上的分歧而发起的进攻)。
葬礼
目前，梵蒂冈宣布将从当地时间4月4日星期一起举行教宗的遗体告别仪式。葬礼在4月8日星期五中欧夏令时上午10:00（北京时间当日下午4:00）举行。他将被葬在位于圣伯多禄大殿地下室中的教宗墓地。
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